Brindar una formación profesional en salud humana y medioambiente sólida, de excelencia, que genere actores profesionalmente comprometidos, éticamente orientados y socialmente participativos.
    Cumplir con integridad la tarea de formación de profesionales de salud humana y ambiental con actitud ética. Comprometidos con el bien común, con aptitud para la investigación y el proceso creativo, capaces de mejorar la calidad de vida comunitaria y favorecer el desarrollo social.

    Desde un principio la FCS sostuvo una visión acorde con los nuevos paradigmas de la Salud, desarrollando un proyecto educativo que tiene como elementos estructurales la interdisciplina y la complejidad buscando de esta forma promover en el alumno una mejor comprensión del proceso salud-enfermedad-atención y la Atención Primaria de la Salud. Formación continua, creatividad.
    El desarrollo de la FCS cobra sentido al analizarlo en función de sus clivajes fundamentales. Así, la visión de la FCS está atravesada por dos ejes: el eje salud humana y el eje ambiente saludable. En la intersección de estos dos ejes cobra sentido la oferta académica, el estilo de gestión y gobierno, el manejo del ambiente laboral, la orientación de la política relacionada con la conformación del cuerpo docente, la política de investigación y extensión. Se sostiene una concepción moderna de la universidad que deberá dar respuesta a las necesidades de la sociedad, siendo el ámbito de generación de nuevos conocimientos y transmisión de los mismos.
    Así la facultad viene desarrollando líneas que desde su proyecto institucional se enmarcaron en dos ejes en la “salud y el ambiente” actualmente con 16 proyectos de Investigación y su vinculación con la sociedad a través de 10 Proyectos de Extensión Universitaria, Programas y varios Proyectos de Vinculación Tecnológica con empresas regionales, diversas actividades Culturales y de Educación para la salud.

• Liderazgo – visión y calidad institucional que promueva iniciativas estratégicas.
• Pluralismo – convivencia pluralista de ideas, cátedras, teorías y líneas de investigación.
• Innovación – incorporación permanente de ideas y tecnologías que incrementen la capacidad en el cumplimiento de las metas.
• Comunicación – apertura y transparencia para una comunicación efectiva.
• Pro actividad – actitud para adelantarse a los acontecimientos.
• Humildad, Honestidad y Responsabilidad en las actitudes humanas.
• Calidad Educativa Pertinencia social en los procesos educativos.

La misión determina 2 Ejes de acción para el desarrollo de la Institución, a saber:

• Eje de las Ciencias de la Salud.
• Eje de las Ciencias del Ambiente.

    Ambos ejes constituyen el “núcleo duro” de las iniciativas y acciones académicas. Dan el marco a la responsabilidad de formar RRHH para la región y el país y para el diseño de los diferentes niveles de formación: pregrado a través de Tecnicaturas como la de Salud Ambiental; grado a través de licenciaturas como las de Obstetricia, Enfermería, Salud Ambiental y Kinesiología; y posgrado mediante Maestrías como la de Salud Familiar Comunitaria y Especializaciones como la de Termalismo e Hidrologia Médica.
    Salud familiar, Salud ambiental y Salud comunitaria son los ejes de la Facultad alrededor de las Ciencias de la Salud.

   Una institución que asume como su proyecto de desarrollo la generación de saber, la formación de recursos humanos y la transferencia de conocimiento, orientando su actividad a la promoción de la calidad de vida y de lo saludable en sus múltiples dimensiones.